O edifício de tradição asturiana foi totalmente substituído nos séculos seguintes. O templo presente surgiu como doação do Conde D. Henrique e Dona Teresa do mosteiro de Rates, que se encontrava arruinado, ao Priorado, ligado a Cluny, de La Charité sur Loire, Auxerre em França. Foi reconstruída em 1100 e está classificada como monumento nacional. Constitui um dos mais importantes monumentos românicos medievais no então emergente reino de Portugal, dada a relevância das formas arquitectónicas e escultóricas.
As origens do templo antecedem a nacionalidade, tendo sido identificados vestígios materiais que remontam à época romana. Os trabalhos arqueológicos em 1997 e 1998 na área envolvente permitiu documentar as várias fases do desenvolvimento conventual e particular desde o século VI até ao presente. Nas escavações, o conhecimento acerca do templo pré-românico alargou-se a outros elementos, nomeadamente um aparente ante-corpo ocidental, provável narthex do templo pré-românico, onde foi encontrada uma estela romana, posteriormente cristianizada pelos séculos VI-VII e, ainda depois, reaproveitada na fase pré-românica.
A Igreja de São Pedro de Rates situa-se junto à bacia do Ave e é um dos mais importantes mosteiros beneditinos clunicenses e está ligado à lenda de São Pedro de Rates, mítico primeiro bispo de Braga, primaz das Espanhas (reinos da Península Ibérica), hipótese que remonta essencialmente ao século XVI.
História
Dados arqueológicos indicam que a Igreja de São Pedro de Rates assenta no local de uma edificação que data do período romano. A igreja foi reconstruída durante o período condal, século XI, restam deste período poucos vestígios, salientando-se as bases das colunas junto à entrada principal e alguns capitéis. O edifício actual é resultado da refundação cluniacense do século XIII, devida a doação de D. Henrique e D. Teresa à Ordem de Cluny, para que ali fosse implantada a Regra Beneditina.Até 1552, guardava o Corpo de São Pedro de Rates antes de ter sido transferido para a Sé de Braga. São Pedro de Rates seria um bispo ordenado por Santiago Mata-Mouros e decapitado quando celebrava uma missa. Um ermita chamado Félix deu sepultura ao corpo mutilado e decomposto do bispo.
